Il s'agit de la suite de l'anime Kaiju N°8. Kafka Hibino a réussi à prouver son humanité au directeur des Forces de Défense et va pouvoir de nouveau combattre aux côtés de ses compagnons malgré sa nature de Kaiju. Pendant ce temps, Kaiju No. 9 se prépare à mettre en place la suite de son plan.
